Според последните промени в Наредба № Н-18 относно правилата за отчитане на фискалните устройства от търговците, вече и тези, които търгуват чрез онлайн магазини, ще имат нови задължения. Задължени да подават информация в НАП са лицата, които извършват продажба на стоки или услуги чрез електронен магазин, независимо дали домейнът, който използва е собствен, нает или на друго лице, предоставят платформа за извършване на продажби в интернет и приемат плащания, за които се изисква издаване на фискален бон (чл. 3. ал. 1 и чл. 52м, ал. 1 от Наредба № Н-18). При използване на повече от един магазин, всеки трябва да бъде регистриран поотделно. Всички онлайн търговци трябва в 7-дневен срок да подадат информация относно всички промени в обстоятелствата около дейността им, вкл. нейното прекратяване. Всички регистрирани онлайн магазини ще бъдат записани в публичен списък на НАП. При установяване на несъответствие, търговецът ще бъде уведомен от НАП, че трябва да ги отстрани в 7-дневен срок. Ако той не бъде спазен, електронният магазин ще бъде заличен от списъка на НАП и по този начин той няма да може да извършва легално дейността си. Данните се подават през Портала за електронни услуги на НАП, достъпни с квалифициран електронен подпис (КЕП) преди започване на дейността по продажба на стоки или услуги чрез електронен магазин (чл. 52м, ал. 1 от Наредба № Н-18).
Електронните магазини могат да се освободят от задължението си за наличие на касов апарат и използване на СУПТО софтуер, когато се извършват неприсъствени плащания с дебитна или кредитна карта през виртуален ПОС терминал. В тези случаи софтуерът за управление на продажбите (СУПТО) трябва да генерира специален код, който да е уникален за всяка отделна поръчка на стока или услуга. Посоченият софтуер не може да бъде използван за управление на продажби по друг начин, т.е. извън обхвата на конкретния електронен магазин. Освен задължението за деклариране на самия онлайн магазин, търговците трябва да посочат пред приходната агенция и информация за методите на плащане, които използва, договор с доставчик на платежни услуги за ползването на виртуалния ПОС терминал, вкл. неговият номер, платежните сметки, по които получава плащанията и QR код.
Лицата, които извършват продажби чрез електронен магазин, са длъжни да съхраняват в сроковете по чл. 38, ал. 1 от ДОПК създаваната чрез СУПТО или НЕ СУПТО софтуера на електронния магазин информация (текуща база данни и архивни копия на базата данни) и при поискване от органите по приходите да осигурят достъп до нея с възможност за експорт и копиране на данни (чл. 52н от Наредба № Н-18). Необходимо е и създаването и на така наречения „Одиторски профил“, който дава пълен достъп за четене и експорт на цялата информация от текущата и архивните бази данни на използвания в обекта СУПТО или НЕ СУПТО софтуер. Търговците имат задължение да отчитат продажбите чрез фискален или системен бон, който не е задължително да се отпечатва на хартия, достатъчно е да е в електронна форма и да бъде изпратен по електронен път на клиента (по имейл или друг начин) чрез софтуера, който се използва. Търговецът обаче е длъжен да пази данни за неговото изпращане, което да послужи като доказателство в случай на данъчна проверка.
Онлайн търговците имат задължение да изпращат по електронен път към НАП одиторски файл в XML формат, който да съдържа информация за направените през съответния месец продажби. Одиторският файл задължително се изпраща до 15-о число на месеца, следващ този, за който се отнасят продажбите (например файлът с продажбите за месец септември се изпраща до 15 октомври).